Los Edificios ocupados actualmente por los monjes de la Abadía tienen su historia:

• En 1700, Claude Couthier, Marqués de Souhey, hace construir un palacete.
• Traspasado a distintos proprietarios tras la muerte del Marqués, el palacete es comprado en 1829 por las religiosas Ursulinas, instaladas en Flavigny desde 1632. A medida de las necesidades, las construcciones se suceden, englobando el palacete de 1700.
• El decreto de expulsión de 1906 echa fuera de Francia a religiosos y religiosas. Algunos meses después, el Seminario Menor diocesano viene a establecerse en Flavigny donde permanecerá hasta 1967.
• Durante la guerra de 1939-1945 tendrá lugar la última construcción.

Al tomar posesión de los edificios en 1976, la comunidad deberá adaptar las distintas estancias a la vida monástica; se emprenden pues importantes trabajos; el primero fue el de la Iglesia conventual. La Obra duró 2 años y el 1 de marzo de 1979 tuvo lugar la bendición.

Poco a poco el monasterio toma forma: biblioteca, oratorios, galerías, refectorio.. Otros proyectos son objeto de estudio, en particular, una digna sala capitular, pero, es necesario dejar al tiempo y a la Providencia madurar todo eso..

El parque contiguo a la Abadía data de 1709: en el recinto que domina el valle, Claude Couthier, Marqués de Souhey hace disponer jardines en terraza. Con esta ocasión emplea a la mayoría de los obreros de Flavigny para preservarlos del hambre que devastaba Borgoña.