Die Abtei Saint-Joseph de Clairval liegt in Flavigny-sur-Ozerain, einem mittelalterlichen Dorf in Burgund, das vom 7. Jahrhundert bis zur Französischen Revolution Sitz einer Benediktinerabtei war. Von dieser berühmten Abtei sind nur noch die Gebäude aus dem 18. Jahrhundert sowie eine herrliche karolingische Krypta erhalten.

Diese Gebäude beherbergen gegenwärtig die Fabrik zur Herstellung der berühmten Bonbons „Anis de Flavigny“; es handelt sich dabei um ein von der Abtei Saint-Joseph völlig unabhängiges Familienunternehmen; Sitz unserer Abtei ist das ehemalige Kleine Seminar der Diözese.

1972 in der Schweiz gegründet, ließ sich die Abtei Saint-Joseph de Clairval 1976 in Flavigny im Gebäude des ehemaligen Kleinen Seminars nieder. In Erinnerung an die ersten Jahre in der Schweiz hält die Abtei am Namen Clairval fest.

Am 2. Februar 1988, dem Fest der Darbringung Jesu im Tempel, erhielt die Gemeinschaft vom Bischof von Dijon die kanonische Anerkennung als Benediktinerkloster nach Diözesanrecht.

1992 wurde das Kloster auf Antrag des Heiligen Stuhls zur Abtei erhoben; am 21. März desselben Jahres fand die Abtsweihe seines Gründers, Dom Augustin Marie Joly, statt, der am 16. Januar 2006 in seinem 89. Lebensjahr zu Gott heimgerufen wurde.

Der gegenwärtige Abt, Dom Jean-Bernard Marie Bories, empfing die Abtsweihe am 6. September 2020. Die Gemeinde hat derzeit etwa fünfzig Mitglieder.