A Abadia de São José de Clairval encontra-se em Flavigny-sur-Ozerain, localidade medieval da Borgonha que, desde o século VII até à Revolução Francesa, foi sede de uma Abadia beneditina. Desta famosa Abadia só restam os edifícios do século XVIII, e a magnífica cripta carolíngia.

Estes edifícios albergam actualmente a fábrica dos famosos caramelos os Anis de Flavigny; trata-se de uma empresa familiar absolutamente independente da Abadia de São José de Clairval (instalada no antigo Seminário Menor diocesano).

Fundada na Suiça em 1972, a Abadia de São José de Clairval instalou-se em 1976 no antigo seminário menor de Flavigny. É como recordação dos seus primeiros anos na Suiça que a Abadia conserva o nome de Clairval.

Em 2 de Fevereiro de 1988, na festa da Apresentação do Menino Jesus no Templo, a comunidade obteve o reconhecimento canónico do bispo de Dijon como mosteiro beneditino de direito diocesano.

Em 1992 o mosteiro foi erigido em Abadia a pedido da Santa Sé e, em 21 de Março do mesmo ano, teve lugar a sagração abacial do seu fundador, Dom Augustin Marie Joly, chamado para Deus em 16 de Janeiro de 2006, com a idade de 89 anos.

O Abade actual, Dom Jean-Bernard Marie Bories, recebeu a bênção abacial, em 6 de Setembro de 2020. A comunidade conta actualmente, com uma cinquentena de membros.