Os Edifícios ocupados actualmente pelos monges da Abadia têm a sua história:

• Em 1700, Claude Couthier, Marquês de Souhey, manda construir um palacete.
• Pertenceu a diversos proprietários após a morte do Marquês, o palacete foi comprado em 1829 pelas religiosas Ursulinas, instaladas em Flavigny desde 1632. À medida das necessidades, as construções sucedem-se, incluindo o palacete de 1700.
• O decreto de 1906, que expulsa de França os religiosos e as religiosas. Alguns meses mais tarde, o Seminário Menor diocesano estabelece-se em Flavigny, onde permanecerá até 1967.
• Durante a guerra de 1939-1945 teve lugar a última construção.

Ao tomar posse dos edifícios, em 1976, a comunidade teve de adaptar as diversas dependências à vida monástica; importantes trabalhos foram levados a cabo ; o primeiro foi o da Igreja conventual. A obra durou 2 anos e em 1 de Março de 1979 teve lugar a sua bênção.

Pouco a pouco o mosteiro toma forma: biblioteca, oratórios, galerias, refeitório. Outros projectos são objecto de estudo, em particular, uma digna sala capitular, mas, é necessário deixar ao tempo e à Providência amadurecer tudo isto.

O parque contíguo à Abadia data de 1709: no recinto que domina o vale, Claude Couthier, Marqués de Souhey mandou colocar jardins em socalco. Nesta época dá emprego à maioria dos operários de Flavigny para os preservar da fome que deflagrava na Borgonha.