De gebouwen die nu door de monniken van de abdij betrokken worden hebben elk hun eigen geschiedenis:

• In 1700 laat Claude Couthier, Markies van Souhey, een voornaam herenhuis bouwen.
• Nadat het bij de dood van de Markies aan verschillende eigenaars is toegevallen, wordt het kasteel in 1829 aangekocht door de zusters Ursulinen, die al sinds 1632 in Flavigny waren gevestigd. Naargelang van de noodwendigheden wordt er bijgebouwd, tot uiteindelijk het kasteel uit 1700 in het geheel wordt opgenomen.
• Het uitdrijvingsdecreet van 1906 verjaagt alle kloosterlingen uit Frankrijk. Enkele maanden later komt het bisschoppelijk kleinseminarie zich te Flavigny vestigen en blijft er tot in 1967.
• De laatste constructie vindt plaats tijdens de oorlog 1939-1945.

Als de communauteit in 1976 het complex in bezit neemt, moet ze de verschillende gebouwen aanpassen aan het kloosterleven; er wordt een aanvang gemaakt met belangrijke werken; het allereerste is de bouw van de Kloosterkerk. De werf duurt 2 jaar en op 1 maart 1979 wordt de kerk ingewijd.

Gaandeweg krijgt het klooster vorm : bibliotheek, bidvertrekken, galerijen, refter… Nog andere projecten zijn ter studie, met name een kapittelzaal die naam waardig, maar laat de tijd en de Voorzienigheid dat alles rustig rijpen…

Het aan de abdij grenzend park dagtekent van 1709 : in het ommuurd terrein dat hoog boven de vallei uitsteekt laat Claude Couthier, Markies van Souhey, terrasgewijs tuinen aanleggen. Daarvoor zet hij het merendeel van de werkkrachten van Flavigny aan het werk, en behoedt ze zo voor de hongersnood die Bourgondië teistert.