Els Edificis ocupats actualment pels monjos de l’Abadia tenen la seva història:

• En 1700, Claude Couthier, Marquès de Souhey, encarrega la construcció d’un palauet.
• Traspassat a diversos propietaris després de la mort del Marquès, el palauet és comprat en 1829 per les religioses Ursulines, instal·lades a Flavigny des de 1632. A mesura de les necessitats, les construccions se succeeixen, englobant el palauet de 1700.
• El decret d’expulsió de 1906 expulsà de França els religiosos i les religioses. Uns mesos més tard, el Seminari Menor diocesà ve a establir-se a Flavigny, on romandrà fins l’any 1967.
• Durant la 2a. guerra mundial, de 1939-1945, tindrà lloc l’última construcció.

En prendre possessió dels edificis l’any 1976, la comunitat ha d’adaptar els diversos habitatges a la vida monàstica i es fan obres importants, en primer lloc a l’església conventual. L’obra va durar 2 anys, i l’1 de març de 1979 va tenir lloc la benedicció.

A poc a poc el monestir pren forma: biblioteca, oratoris, galeries, refectori… D’altres projectes són objecte d’estudi, en particular una digna sala capitular, però és necessari deixar al temps i a la Providència madurar-ho tot.

El parc contigu a l’Abadia data de 1709: en el recinte que domina la vall, Claude Couthier, Marquès de Souhey, hi fa preparar tot de jardins disposats en terrasses. En aquesta ocasió dóna treball a la majoria dels obrers de Flavigny per a preservar-los de la fam que devastava tota la Borgonya.